Zahajovací scéna z filmu ukazuje předpověď toho, co by mělo dojít v budoucnosti filmu. Ukazuje Naruta bojujícího s monstrem, které ho zabilo. Pohřeb Naruta se koná v Listové a účastní se ho všichni obyvatelé z Konohy... Vracíme se o pár dnů zpátky, kdy je muž jménem Yomi, ochoten propůjčit své tělo duchu Mōryō, aby mohlo začít "tísícileté království". Jak to nakonec všechno dopadne?